古代兵器をモデルに作られた巨大ロボット「騎兵」によるネオジオン族の侵攻を受けたダバード王国の救援に向かう灼熱騎士F91。聖神イシュタの作った伝説の聖機兵「ガンレックス」を動かし邪機兵を倒すも精神力を使い果たしてしまう。
その跡を継ぐ若き騎士GP01。一方聖騎兵に選ばれず不満を持っていたダバード一の騎士GP02は不気味な盾を拾い、邪悪に支配されていく。
ネオジオンに戦を挑む女王。聖機兵は魔機兵を倒すが、ダバード城は陥落してしまう。「運命の三騎士」を引き離したことを悔やむ女王。ネオジオンにつく傭兵騎士。
騎士アムロ率いるラクロア騎士団、キングガンダムII世率いる円卓の騎士団が援軍に来る。傭兵騎士はF90Jr.とは戦いにくいと言う。
装甲馬車オーキスを探す騎士GP03からの情報でGP01はネオジオンが邪神ガイアスの作りしもう1つの聖機兵「ルーンレックス」を見つけたことを知る。ガンレックスはルーンレックスを倒し、真聖機兵となる。GP01もスペリオルドラゴンと融合し、真聖機兵を操る事が可能となる。
傭兵騎士は重甲騎士F90の長男だった。F90一家を庇いGP02のザマレド・キメラと相打ちとなる。ネオジオン総帥ジークカロッゾを追い詰めるが、それは影武者バグカロッゾで、本物はルーンレックスの残骸に脳を移植しルーンカロッゾとなっていた。
オーキスの援護の下、相打ちでルーンカロッゾを倒すチャンスが来る。GP01は相打ちを覚悟するがスペリオルはGP01を分離し、一人で最もルーンカロッゾのバリアの薄い箇所に真聖機兵を突進させた。
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