聖機兵物語の舞台ダバード王国を襲撃するデラーズ帝国。バーサル騎士GP01の前に突然現れた謎の高性能機兵「エルガイヤー」を召喚する記憶喪失の男。
彼はセレネスの月の双子の王子の一人ネオガンダムだった。6体の機甲神を探す旅に出るネオ達。前作から何者かに取り憑かれていた騎士GP02はデラーズにいて、巨大化して戦う。
エルガイヤーとの戦いで魔物が取り付いていた盾が割れ、正気に戻るGP02。魔物（ジークジオン）はユギーユ王に取り付く。前作からその存在が囁かれていた「運命の三騎士」の目覚め。
双子のもう一人ルナガンダムはデラーズに洗脳され仮面騎士となっていたが実は正気で、薔薇騎士の姿でネオのサポートをしていたがジークジオンに正体が知れ、本当に洗脳されてしまう。
影機甲神「カオスガイヤー」を駆りネオを倒し機甲神を奪うルナ。機甲神は重影合身しスダ・ドアカを破壊する。記憶の戻ったネオと運命の三騎士でもルナを正気に戻すことはできず、やむなく闇機甲神を破壊する。
天空魔城ゲルニカに潜むジークジオンを倒すために乗り込むネオ達、そしてジークジオンと因縁深い軍師クワトロ（騎士シャア）、スペリオルドラゴン。スダ・ドアカ壊滅の危機に復活するガンレックス。輝光合身する6体の機甲神。
不死のジークジオンについに止めを刺す。
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